春天，在新生决定社团的时候，田井中律硬拉着青梅竹马的秋山澪参观轻音部让其入部，在得知前辈们毕业后由于人数不足将面临闭部结局，秋山澪与琴吹紬成为了轻音部成员，但离4人指标还差1位名额。这时，一名弄错了部名的少女平泽唯误打误撞之下填补了最后一位空位，但这位少女却是一个连乐谱也看不懂的新人，学习成绩又差。而就是这样的4名少女，却展开了奏响青春的音乐之旅。

唯、澪、律、䌷四人即将高中毕业，决定进行一次毕业旅行。梓听到信息，也决定跟随学姐们一起旅行。她们各自提出自己想要去的目的地，最终通过抽签选中去伦敦的计划。几位女生在为毕业旅行做准备的同时，关于伦敦的想象也在飞驰……

新学年开始，樱丘高中轻音部（轻音乐社）因原有部员全部毕业离校而无法达到部员最低人数（至少4人）。轻音部新成员只有秋山澪和田井中律，这下该如何是好呢？此时，平泽唯在阴差阳错的情况下把“轻音”当作“轻松的音乐”，又因小时候玩响板得到老师表扬，所以萌发申请入部的想法。另一方面，温柔可爱的千金大小姐琴吹䌷被田井中律强拉入社，于是，便有了贝司手秋山澪、吉他手平泽唯、鼓手田井中律及键盘手琴吹䌷。

转眼间经已12月18日，凉宫春日期待已久的圣诞节即将来临。SOS团火锅派对的活动拍板以后，阿虚就带着烦恼回家。第二天，阿虚如常上学，但他很快注意到，学校发生了与平日完全不同的事。应该在后面的座位的凉宫春日不在，却换上了理应让长门有希消灭了的朝仓凉子……

在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但冀望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。 前半为主角和女主角们之间所发生的事件，后半After story为主角和古河渚，在冈崎中学毕业之后，共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，CLANNAD就是由这三个要素所组成的故事。

我们一起迈开了脚步… 在这长长的…长长的坡道上… 家族……被我拒绝的地方： CLANNAD的男主角——冈崎朋也，是一个拒绝与家人交流、不愿留在家里的人。在他幼年时，母亲因故去世……父亲因此整日借酒消愁，原本应该相依为命的两人，却因为不愿去理解对方的痛苦而互相疏远，生活渐渐颓废下来。最终在他初中时，因为一次家庭暴力，而使得父子俩的关系落到了谷底。从此以后，朋也与父亲行同陌路，两人的关系似乎只能在血缘和法律上得以维持。他每天去上学，但无论是上课还是课余都只是魂不守舍地发呆，终日得过且过地继续着学生生涯。他不参加任何社团活动，也没有深交的朋友，连唯一能和他亲密说话、每晚“收留”他的“朋友”——春原阳平，也无法触及到他心中冰冻的部分……互不干涉对方深藏的心底的痛苦，这是保证他们两人能继续同来同往的底线。岁月无情地流逝，那在朋也身边仿佛停滞了的时间，也即将迎来终结……就在那长长的坡道之下。